Durante la Edad Media, que abarcó aproximadamente desde el siglo IV hasta el siglo XV, el pensamiento estuvo fuertemente influenciado por la religión cristiana y la filosofía escolástica; la teología cristiana se convirtió en la principal disciplina intelectual, y los filósofos medievales intentaron reconciliar la fe con la razón. Pensadores como Tomás de Aquino buscaron establecer una síntesis entre la filosofía aristotélica y la doctrina cristiana, defendiendo que la razón y la fe podían coexistir armoniosamente. El pensamiento medieval también se centró en la idea del mundo como una jerarquía divinamente ordenada (teocentrismo), con Dios en la cima, seguido por los ángeles, los seres humanos y el resto de la creación.

Para algunos críticos religiosos, la edad media significo un periodo de oscurantismo, ya que, según estos, el progreso intelectual y científico fue significativamente limitado debido a la influencia dominante de la Iglesia y las interpretaciones teológicas dogmáticas; durante este tiempo, se desalentó la investigación científica y se restringió la libertad de pensamiento, ya que la Iglesia consideraba que algunas ideas o descubrimientos contradecían la doctrina cristiana. Sin embargo, para otros, este periodo no debe ser visto como un período uniformemente oscuro y carente de progreso, ya que hubo algunos avances intelectuales y científicos en ciertas áreas y regiones, especialmente en los monasterios y las universidades.